Masa depan yang jauh, 5012.
Invasi udara yang tiba-tiba ke Bumi oleh＜ Alien ＞ dan ciptaan mereka ＜Bentuk Kehidupan Mesin＞ membawa umat manusia ke ambang kepunahan. Jumlah manusia yang masih hidup yang berlindung di bulan untuk mengatur serangan balik menggunakan tentara ＜android＞ untuk merebut kembali Bumi.
Namun, perang menemui jalan buntu karena ＜Bentuk Kehidupan Mesin＞ terus berkembang biak tanpa batas. Pada gilirannya, umat manusia mengerahkan unit tentara android baru sebagai senjata pamungkas: ＜YoRHa＞
Baru dikirim ke Bumi ＜2B＞ bergabung dengan ＜9S＞, analis yang saat ini ditempatkan di sana, di mana di tengah misi mereka, mereka menghadapi segudang fenomena misterius…
Ini adalah kisah tentang ＜android＞ yang tak bernyawa dan perjuangan mereka yang tak ada habisnya demi umat manusia.
