Jauh di masa depan, 5012.
Invasi udara yang tiba-tiba ke Bumi oleh ＜ Alien ＞ dan kreasi mereka ＜ Bentuk Kehidupan Mesin ＞ membawa umat manusia ke ambang kepunahan. Jumlah manusia yang masih hidup yang berlindung di bulan untuk mengatur serangan balik menggunakan ＜android＞ tentara untuk merebut kembali Bumi.
Namun, perang menemui jalan buntu karena ＜Bentuk Kehidupan Mesin＞ terus berkembang biak tanpa batas. Sebagai gantinya, umat manusia menyebarkan unit baru tentara android sebagai senjata pamungkas: ＜YoRHa＞
Baru dikirim ke Bumi ＜2B＞ bergabung dengan ＜9S＞, analis saat ini ditempatkan di sana, di mana di tengah misi mereka, mereka menghadapi banyak sekali fenomena misterius…
Ini adalah kisah ＜android＞ yang tak bernyawa ini dan perjuangan tanpa akhir mereka demi umat manusia.
