Pengabaian sembrono Edward dan Alphonse Elric terhadap hukum dasar alkimia merobek setengah anggota tubuh Ed dari tubuhnya dan membiarkan jiwa Al menempel pada baju zirah yang dingin. Untuk mengembalikan apa yang hilang, saudara-saudara menjelajahi tanah yang dilanda perang untuk Batu Bertuah, peninggalan dongeng yang memberikan kemampuan untuk melakukan alkimia dengan cara yang mustahil.
Elrics tidak sendirian dalam pencarian mereka; Militer Negara yang korup juga ingin memanfaatkan kekuatan artefak tersebut. Begitu juga dengan Homunculi aneh dan pencipta bayangan mereka. Permata mistis memikat alkemis eksotis dari kerajaan yang jauh, melukai beberapa orang cukup dalam untuk menginspirasi pembunuhan. Saat Elric menemukan jalan mereka diubah oleh musuh dan sekutu ini, tujuan mereka tetap tidak berubah – dan ikatan mereka tidak dapat dipatahkan.