Asuka bergabung dengan kelas Shinji di sekolah, dan tinggal bersama Misato dan dia di apartemen mereka.Saat Asuka menyesuaikan diri dengan Jepang (atau lebih tepatnya, beradaptasi dengannya…), Malaikat baru menyerang yang mampu membelah dirinya menjadi dua salinan identik. . EVA-01 dan EVA-02 dikalahkan, dan NERV dipermalukan di depan umum. Dengan Malaikat dalam periode regenerasi selama seminggu setelah serangan Tambang N² oleh JSSDF, Asuka dan Shinji harus belajar untuk “menyinkronkan” gerakan pertarungan satu sama lain , untuk mengalahkannya untuk selamanya.
