Shu ditangkap oleh GHQ yang membuat teman-teman sekelasnya terkejut dan khawatir. Dia dikirim ke Fasilitas Isolasi GHQ Empat di mana dia tetap bungkam tentang para Penyelenggara. Setelah mengetahui Gai dan para Penyelenggara akan menyerang Fasilitas untuk menyelamatkan “rekan” mereka, Mayor Segai membawa Shu ke bangsal Isolasi, mengungkapkan Yahiro menjualnya sehingga saudaranya, korban Virus Kiamat, bisa mendapatkan perawatan. Selanjutnya, Mayor Segai membenarkan tindakan lebih keras GHQ demi keselamatan Jepang dan memanfaatkan perasaan Shu terhadap Inori dan keraguannya terhadap Gai. Dia mengungkapkan bahwa “kawan” yang ingin diselamatkan Gai adalah pembunuh massal Kenji Kido, yang membuat Shu mempertanyakan kepercayaan Gai. Mayor memberi Shu pemancar yang disamarkan sebagai pena yang akan dia gunakan jika dia melakukan kontak dengan Gai. Kemudian, itu terjadi. Malamnya, Gai yang menyamar mengunjungi Shu dan memberitahunya rencananya untuk menyelamatkan Kenji, namun, Shu tidak ingin terlibat. Tsugumi memberi tahu keduanya bahwa Inori telah melanggar perintah Gai untuk bersiap menyelamatkan Shu. Shu, khawatir, pergi untuk menyelamatkannya, memaksa Gai untuk mengubah rencananya. Dilindungi oleh Endlave Steiner milik Ayase, Shu menuju ke tempat Inori berada sampai dia bertemu Kenji sendiri dan menggunakan Void miliknya, senjata Gravity untuk menghentikan GHQ Endlave dan menyelamatkan Inori. Setelah Fasilitas Isolasi kehancuran, Gai menawarkan Shu untuk mengikutinya. Shu dengan enggan setuju, namun, dia tetap menyimpan pemancar yang diberikan kepadanya dan tidak memberi tahu Gai tentang pertukarannya dengan Mayor.
