“Sejak kegagalannya menyelamatkan Jun, Shu menderita kenangan traumatis akan Virus Kiamat dan berhalusinasi melihat orang-orang terinfeksi sehingga membuat para Undertaker kehilangan misi untuk menghentikan konvoi. Tidak mau bergabung dengan mereka lagi, Gai mengusir Shu dari para Undertaker. Kembali ke rumah, Shu menemukan Inori pergi tapi sebelumnya memberinya lagu barunya tapi dia menamparnya setelah mendapat serangan panik lagi. Depresi, di sekolah Shu bertanya pada Hare apakah dia bisa dekat dengannya tapi dia menamparnya karena dia bukan penggantinya untuk Inori dan dia bukan Shu yang dia cintai dan kenal. Sementara itu, Mayor Jenderal Yan telah menempatkan Shuichiro sebagai tahanan rumah karena mencuri meteorit Virus Kiamat dan berencana untuk membawanya ke luar negeri yang mana Gai dan Pengurus berencana untuk menyerang pesawat yang mengangkut kargo dan mengambilnya kembali. Namun, tanpa sepengetahuan GHQ dan Penyelenggara, Seiga dan Badan Anti punya rencana lain dan mulai melakukan vaksinasi sendiri. Saat Gai dan timnya masuk ke dalam pesawat angkut, mereka menemukannya kosong dan terlambat menyadari bahwa itu adalah jebakan. mengaktifkan siaran resonansi genetik di Menara Tokyo yang menyebabkan meteorit menyebarkan virus ke seluruh Tokyo dan menyebabkan kekacauan. Dengan GHQ dan Undertaker berantakan karena virus tersebut, Badan Anti menyerang keduanya dan menyelamatkan Shuichiro dari kurungannya yang mana Shuichiro menyaksikan kekacauan dari Markas Besar GHQ dan menyatakan dia akan menyelesaikan apa yang dia mulai 10 tahun lalu.
